事實上，號稱湖南“土皇帝”的王先謙一直在窺伺著新學(xué)界的動向。他利用門徒、新學(xué)界敗類劉作楫同胡元倓一派人對抗。1904年5月，趙爾巽離任，陸元鼎署湖南巡撫，王即與陸相勾結(jié)，公開摧殘進步學(xué)堂。王、陸十分注意華興公司，揚言這是革命黨。迫于形勢險惡，黃興等加速起義的準(zhǔn)備。但是，一個華興會員卻在無意中走漏了消息，被劉作楫偵知，報告給王先謙。王急向陸元鼎告密，要求逮捕黃興、劉揆一等人。陸元鼎因有人勸阻，沒有立即捕人，命巡防營嚴(yán)加偵緝。官廳的偵探結(jié)識了會黨的五路巡查何少卿、郭鶴卿，偽裝要好，賺得實情，在醴陵車站將二人捕送省會，很快，二人供出了革命黨準(zhǔn)備在長沙等地起事的計劃。10月24日，清兵出動捉人，搜查華興會機關(guān)。黃興這時正在侍郎龍湛霖家中議事，龍的兒子紱瑞慨然藏賓，并親往長沙中學(xué)堂將華興公司的文件取出銷毀。劉揆一等人紛紛走避，會黨首領(lǐng)游德勝、蕭貴生被捕。游、蕭在嚴(yán)刑之下招供出詳細(xì)的內(nèi)情。官方搜捕更加緊急，但因沒有確鑿證據(jù)，華興會的人員沒受到損失。黃興在龍家躲了三天，又轉(zhuǎn)移到吉祥巷圣公會，由教士黃吉亭等加以掩護。11月4日，游德勝、蕭貴生遇害。待風(fēng)聲稍緩，黃興便化裝出走，由黃吉亭、張繼等人護送，經(jīng)漢口轉(zhuǎn)赴上海。

至此，華興會準(zhǔn)備的長沙起義宣告流產(chǎn)。

此前，黃興一直用著本名“軫”，黃吉亭在漢口船上分別時，暗地囑咐他說：“到上海時，即來一電，只拍一‘興’字，即知君平安無恙也?！庇谑?，黃興的名字便從此用開。

當(dāng)華興會的起義還在準(zhǔn)備之時，楊篤生、章士釗在上海與蔡元培、陳由己、杭辛齋等成立愛國協(xié)會，聯(lián)絡(luò)各地人士積極響應(yīng)，楊、章分任正副會長。蘇鵬還奉命赴日本招回一批留學(xué)生準(zhǔn)備參加起義。他們以興學(xué)會的名義在新閘路余慶里租屋招待來往同志，黃興和其他一些逃亡的華興會成員抵滬后就住在這里。11月19日，上海發(fā)生了萬福華刺殺前廣西巡撫王之春的事件，章士釗等曾參與密謀。次日，章前往捕房探望萬福華時被扣，供出余慶里住址，巡捕搜查該地，黃興、張繼、周來蘇、蘇鵬、徐佛蘇、薛大可、郭人漳等十人被作為嫌疑犯拘捕，楊篤生逃出。郭人漳是清朝候補道，在江西統(tǒng)兵，與華興會有聯(lián)系，因為他來滬是奉江西巡撫之命，旋被保釋。黃興化名李壽芝，偽稱是隨郭來滬公干的教員，瞞過會審公廨，一同被釋放。黃興出獄后，隨即與劉揆一再次東渡日本。袁樹勛不想興大獄多惹事端，經(jīng)蔡元培、龍璋等設(shè)法營救，被捕的人后來也都相繼出獄。華興會成員陳天華、宋教仁、柳聘農(nóng)、彭淵洵、劉道一等也都先后流亡日本，但他們依舊保持著華興會的團體。

起義的流產(chǎn)使得長沙的新學(xué)界受到了極大的摧殘。大批進步教師紛紛離湘他適，外省旅湘教師的俱樂部被迫停止活動，旅湘安徽公學(xué)也遷往蕪湖。錢維驥創(chuàng)設(shè)講藝公司，想以此再行聚集同志，但被陸元鼎阻止。胡元倓、周震鱗受到王先謙、劉作楫的惡毒攻責(zé)，靠著一些官紳的維護，僥幸才將所辦的學(xué)堂保存下來。

會黨領(lǐng)袖馬福益在長沙起義泄密后，逃往廣西。在廣西，他又聯(lián)絡(luò)了廣西會黨和湖南舊部，準(zhǔn)備再次發(fā)動起義。1905年春，馬福益自桂返湘，哥老會派人前往迎接。由于馬福益臨時改變路線而未遇。4月12日，馬福益在途中被清軍截捕，他英勇拒敵，在被縛時還踢死了兩名清兵。馬福益是參加資產(chǎn)階級反清革命運動的優(yōu)秀會黨領(lǐng)袖。他的徒眾堅持追隨華興會革命，與他的態(tài)度有著重大的關(guān)系。會黨采取的是家長制的組織形式，首領(lǐng)有著極大的權(quán)威，在革命黨人沒有直接向會黨群眾進行充分宣傳教育的情況下，首領(lǐng)的政治傾向和道德品質(zhì)往往對徒眾起著決定的影響。馬福益被解往長沙后，受到湖南巡撫端方的嚴(yán)刑拷打，他堅貞不屈，視死如歸，于4月20日遇害。至此，華興會策劃的長沙起義以徹底失敗暫時告一段落。