1954年4月市委高校黨委組織各校非黨教授座談“高饒問題”，對會議評價為“一般教授發(fā)言慎重，不敢暴露，有不少混亂思想”。北大哲學(xué)系主任鄭昕說：“過去是戰(zhàn)爭環(huán)境，很多負(fù)責(zé)同志沒學(xué)到多少馬列主義?！北贝蠼淌谥鼙諉枺骸凹热辉缰栏摺堄绣e誤，為什么還要重用他們？”馬寅初沒有這么大膽，他只是跟在金岳霖發(fā)言后面補(bǔ)充幾句，金說：“高的問題很嚴(yán)重，饒的問題沒聽出什么事?！瘪R寅初馬上跟著說道：“饒的罪惡輕，能認(rèn)識錯誤，所以還稱他為‘同志’?！保ㄒ娛懈咝｜h委《各校非黨教授對高饒問題的反映》）他明白，在小枝節(jié)上繞著說，一般不會犯大錯誤。

馬寅初所處的政治環(huán)境開始變得愈加惡劣，思想斗爭火藥味逐漸濃郁。1954年5月23日北大召開第一次黨代會，與會者對上一屆學(xué)校黨委提出嚴(yán)肅的批評，措辭嚴(yán)厲，與會者集中談到這幾點(diǎn)：“資產(chǎn)階級思想在黨內(nèi)外大量存在，未受到有力的批判”、“我們階級覺悟不高，對階級斗爭的規(guī)律缺乏深刻的體會，因而對于在各樣教學(xué)工作中和日常學(xué)習(xí)生活中所反映的許多資產(chǎn)階級思想則缺乏分析，降低了應(yīng)有的政治警惕性，也就很少提出對策。”黨代會通過的總結(jié)報(bào)告中明確表示：“（北大）長期安于被資產(chǎn)階級思想緊緊包圍的環(huán)境中，敵情觀念與政治嗅覺很不敏銳。”此后，馬寅初所受的冷對待與此政治行情的看漲緊密相關(guān)。

1956年繃緊的斗爭之弦稍有松懈，馬寅初一有機(jī)會還會為北大利益呼吁、爭取。市委召開高等學(xué)校院長座談會，馬寅初在會上言辭激烈，嚴(yán)厲批評中國科學(xué)院到高校挖人的舉動，認(rèn)為科學(xué)院“獨(dú)善其身”，只讓自己發(fā)展，不管高等學(xué)校的死活。他說：“過去吳有訓(xùn)為科學(xué)院拉人，就把浙江大學(xué)這所綜合大學(xué)拆垮了。現(xiàn)在又不斷到北大來拔尖，甚至一般教師也要拉。北大與科學(xué)院的關(guān)系不是雙方批評一下就能解決的問題了，需要中央來處理，才能公平解決?！备叩葘W(xué)校與中國科學(xué)院的關(guān)系向來很緊張，一直是困擾各高校的難題，只有馬寅初獨(dú)挑這個話題，全場也只有向達(dá)一人幫他說話：“這樣下去高等學(xué)校只有關(guān)門，或者什么人都不讓出來，或者歇業(yè)?！?/p>

馬寅初還大膽地提出一個教學(xué)問題：“學(xué)生政治課用的是蘇聯(lián)的本子，講的是蘇聯(lián)的事，不結(jié)合中國的實(shí)際，不能真正提高學(xué)生的思想覺悟。匈牙利事件反映出學(xué)生思想很多基本問題都不清楚。”（見1956年《市委召開的高等學(xué)校院長座談會上提出的意見》）這是一個真實(shí)存在的教學(xué)問題，可以看出馬寅初的敏銳和直率，但在場的中共領(lǐng)導(dǎo)人士礙于國際形勢對此沒有做出明確反應(yīng)。相反，老資格的人民大學(xué)黨委書記、副校長胡錫奎卻接著馬寅初的話題說：“今后可以考慮在政治理論教學(xué)計(jì)劃中規(guī)定每年作一兩次思想總結(jié)或鑒定，講課中也要注重聯(lián)系學(xué)生思想?！秉h員校長更看重的是給學(xué)生做思想鑒定，從這個細(xì)節(jié)也看出非黨校長與黨員校長的治校異同之處。