6月16日，兩軍展開了遭遇戰(zhàn)，由于清軍好勝心切，加上潮落風(fēng)逆，被鄭軍圍在垓心窮追猛打。施瑯被炮火燒傷面部、右眼視力大損，但依然不下火線，指揮全軍沖出包圍圈，突圍而去。

初戰(zhàn)失利，并未讓施瑯變成驚弓之鳥，卻讓劉國(guó)軒狂傲之心大起，認(rèn)為清軍水師不堪一擊，叛將施瑯不過如此。22日，休整完備的清軍向澎湖守軍發(fā)起了總攻，清鄭之間的最后大決戰(zhàn)來(lái)臨了！

施瑯將船隊(duì)分為奇兵、疑兵、中軍、后援四部分，以“五梅花”船陣為一個(gè)作戰(zhàn)單位，造成局部的以多打少；而劉國(guó)軒則匯聚全部主力出港，集中攻擊清軍主帥旗艦。兩軍交戰(zhàn)后，吶喊震天，煙焰蔽日，咫尺莫辨，空中火箭、矢石、炮彈如同飛蝗，戰(zhàn)況極其慘烈！

雙方都十分驍勇善戰(zhàn)，故而傷亡慘重，誰(shuí)能堅(jiān)持到最后，誰(shuí)將獲得最后的勝利。危急時(shí)刻，施瑯將奇兵調(diào)出，將鄭軍水師各個(gè)分割、逐個(gè)擊破。鄭軍水師遂陷入被動(dòng)挨打之中，損失慘重。劉國(guó)軒見本方落敗，召集全部船只突圍，無(wú)奈清軍船集如葉，將鄭軍逼入礁石遍布的絕地：吼門灣。

劉國(guó)軒危急之下，跪倒在甲板上，祈求上蒼保佑。說(shuō)來(lái)也巧，突然一陣大潮涌來(lái)，風(fēng)向又變，鄭軍殘存水師急忙趁機(jī)逃出澎湖戰(zhàn)場(chǎng)，劉國(guó)軒保住一條性命。

澎湖海戰(zhàn)，鄭軍陣亡將領(lǐng)47員、軍官300余人，戰(zhàn)死、溺死、燒死的士兵12 000余人，損失戰(zhàn)船共計(jì)194艘，此外，165名軍官、4853名士兵投降——明鄭喪失了幾乎全部的主力，再也沒有實(shí)力和清軍對(duì)抗，而劉國(guó)軒更是一戰(zhàn)破膽，從主戰(zhàn)派轉(zhuǎn)變成最堅(jiān)定的投降派。

在劉國(guó)軒、馮錫范等人的授意下，7月15日，鄭克塽派遣使節(jié)到澎湖遞交降書，次日，施瑯遣侍衛(wèi)吳啟爵、筆帖式常在赴臺(tái)曉諭，明鄭自鄭克塽以下，全部剃發(fā)稱臣，自此，臺(tái)灣割據(jù)政權(quán)宣告覆滅，寶島回歸祖國(guó)懷抱。

臺(tái)灣回歸后，康熙曾考慮將寶島“遷其人、棄其地”，幸虧施瑯、姚啟圣、趙士麟、蘇拜等大臣挺身而出，曉以利害、堅(jiān)決反對(duì)，康熙這才決定留臺(tái)不棄，將臺(tái)灣劃歸福建管轄，島上設(shè)立一府三縣，并派兵員八千駐防，另在澎湖設(shè)兵員兩千協(xié)防。

施瑯立下首功，也收獲了豐厚的回報(bào)：被封為靖海侯，賞頂戴花翎。靖海侯霸占了臺(tái)灣南部半數(shù)田地，無(wú)數(shù)農(nóng)民、佃戶不得不租種求生，每年向施家繳納數(shù)額巨大的“施侯大租”。一直到清朝滅亡，施家后人過上了不勞而獲的巨蠹生涯，和小說(shuō)中“施清韋貪”完全背道而馳。