抗戰(zhàn)爆發(fā)后，南開大學被日軍炸毀，鑒于南開大學在國人心目中的地位和分量，蔣介石承諾“有中國即有南開”。后經(jīng)國民政府教育部籌劃，南開大學得以和北京大學、清華大學三校聯(lián)合，先南遷湖南長沙，組成長沙臨時大學，由北大、清華、南開三校校長任常務委員，全權負責臨時大學的籌建和開學等具體事宜。南開大學作為一所私立學校，竟然得到政府如此看重，能夠和北大、清華這樣的頂尖學府合并，也足以證明南開教育的巨大成就。

在長沙，因為戰(zhàn)時條件所限，臨時大學住宿條件相當艱苦，學生住在木質(zhì)建筑中，晚上一律要睡在地板上，一旦下起雨來，木屋四處漏水，為免受雨淋，學生們只好在被子上蒙油布，在枕頭旁支雨傘。北大校長蔣夢麟獲知此事，甚為不滿，認為這種環(huán)境對學生的身心健康非常不利，不宜居住。而張伯苓經(jīng)歷過私立辦學的重重考驗，養(yǎng)成了艱苦奮斗、愈挫愈勇的精神品格，在他看來，惡劣的生存環(huán)境更能磨煉學生不屈不撓的精神意志。況且國難當頭之際，學、物力維艱，在政府的關照下，學生能維持學業(yè)，有棲身之處，已屬不易，又怎能另作他想？顯然，雖置身于戰(zhàn)時組成的聯(lián)合大學，但執(zhí)著于教育的張伯苓仍想把南開愈挫愈勇、奮斗不息的精神帶進臨時大學。張伯苓興學一生，最終是為了實現(xiàn)自己“痛矯時弊，育才救國”的興學宗旨。在南開，張伯苓針對國民“愚、弱、貧、散、私”五病，提出只有培養(yǎng)學生愛國愛群的公德和服務社會的能力，方能振興中華的教育思想，并以“允公允能，日新月異”作為南開大學的校訓，受此教育理念的影響，南開師生都有一種頑強奮斗、克難奮進的不屈精神，而這點又恰為北大、清華所不及。

長沙臨時大學開學不久，日軍攻占南京，長沙戰(zhàn)事吃緊，局勢緊張，臨時大學的師生們不得不再次轉(zhuǎn)遷，前往昆明，隨后三校組成西南聯(lián)合大學，仍由張伯苓、蔣夢麟、梅貽琦擔任最高常委，總攬聯(lián)大校務。當時三校在聯(lián)合中有獨立，除涉及聯(lián)大的共同校務外，其他如教師聘用、辦事處和研究機構的設置上各校又相對獨立。鑒于這種情況，張伯苓深知若三位校長都去負責學校管理工作，很可能相互掣肘，造成矛盾，導致管理混亂，因而大度的張伯苓決定將自己的管理職權全權委托給蔣夢麟、梅貽琦二位校長，自己則專心于重慶南開中學的建設和管理，讓南開精神在祖國的西南腹地生根發(fā)芽。

南開并入西南聯(lián)大，并不因自身的私立性質(zhì)而相形見絀，相反，南開的優(yōu)良學風、師生團結合作的精神、高水平的教學質(zhì)量以及才識過人的教師隊伍讓北大、清華的師生們刮目相看。這歸功于當年在創(chuàng)辦南開大學期間，張伯苓知人善任，以誠感人，雖付給教師的薪水無法和清華、北大這樣的國立頂尖大學相比，但憑著自己的一腔熱誠和個人魅力，也聚集了一大批學識淵博的著名學者。西南聯(lián)大成立后，南開教授楊石先、黃鈺生、丁佶、陳克忠、姜立夫等人都成為西南聯(lián)大各院系獨當一面的中堅力量。

在西南聯(lián)大的三所大學中，南開大學雖然在辦學規(guī)模上遠不及清華和北大，但在國內(nèi)外聲譽卓著，與北京大學和清華大學各有千秋。在西南聯(lián)大中，南開大學走的是“實業(yè)興學”路線，當年張伯苓毅然決定南開學校走私立辦學之路，其目的就在于盡可能免受時政的束縛和干涉，在文化精神上保持大學的“特立”與“自立”，而北大崇尚“學術”與“自由”的風氣，清華的“通才教育”理念也給了張伯苓諸多啟示，三校聯(lián)辦雖是戰(zhàn)爭所致的無奈之舉，但也無意中給三校提供了取長補短的絕佳機會?？梢哉f，八年的聯(lián)大歲月，讓張伯苓有了更為開闊的教育視野，也讓他逐漸認識到人文精神涵養(yǎng)的重要性，南開復校后，張伯苓的首要事項就是在南開增設中國文學系。