他任二支隊司令后，手下的部隊計有新三團、新四團、獨立一團、獨立二團的部隊，人數(shù)二千左右，裝備十分落后，部隊的軍事素質(zhì)一般，面臨的形勢遠比陳、粟的江南指揮部要嚴峻的多，后來的經(jīng)歷也證明了這一點。11月下旬，他由丹陽地區(qū)回到茅山根據(jù)地，與廖海濤會合，一同到達竹簀橋 、水西、陶林、棠蔭一線，準備接運皖南新四軍第一批經(jīng)蘇南去蘇北的人員，此時日軍對丹北、茅山地區(qū)持續(xù)反復“大掃蕩”，形勢十分危險，他令獨立二團和長滆人民自衛(wèi)團向南移動，負責監(jiān)視溧陽、張渚方向的國民黨軍隊，新三團留在茅山地區(qū)敵后游擊，12月初，日軍又對茅山地區(qū)進行大“掃蕩”，在中心區(qū)、延陵、九里、丁莊、西旸、蒲干、柳如、茅麓公司等筑下20余處據(jù)點，大肆燒殺搶掠。同時，切斷了茅山通往丹北轉(zhuǎn)赴蘇中地區(qū)的南北交通線，使新四軍軍部先期撤出的經(jīng)蘇南北上的第一批人員，不能通過京滬鐵路封鎖線，而被迫滯留在茅山地區(qū)。他針對形勢，當機立斷，作出部署。新三團分散留在茅山地區(qū)，廖海濤率四團一個營插入太滆地區(qū)，他自己則率二支隊司令部及四團的兩個營留在溧陽、溧水地區(qū)，準備迎接新四軍軍部及皖南部隊經(jīng)蘇南北上。

四一年一月四日，他收到軍部發(fā)來的電報，獲悉皖南部隊已由涇縣云嶺出發(fā)。當晚他率司令部移到溧水地區(qū)經(jīng)巷宿營，向西與四團靠攏。7日，又接軍部來電，得知皖南部隊在移動中遭國民黨軍隊攔截襲擊。13日，他率部在溧水尤村宿營時與軍部電臺聯(lián)系中斷。14日以后，呼叫不出，不明戰(zhàn)情。后來，他才從國民黨和日偽出版的報紙上獲悉皖南事變中新四軍軍部被圍殲的詳細消息。

可以說他在蘇南承受的壓力絲毫不亞于在巖寧連根據(jù)地的壓力。

皖變后，他率部幾乎是天天戰(zhàn)斗，夜夜移營，有時竟一日數(shù)戰(zhàn)，一夜三移營，他依靠二支隊的力量在各縣武工隊和秘密交通站的幫助下，克服許多無法想象的困難，把皖南事變前從軍部撤出的人員和“皖南事變”中分散突圍的同志，如傅秋濤、江渭清、胡立教、楊帆共1000余人經(jīng)過蘇南，先后安全轉(zhuǎn)移到蘇北。

但是戰(zhàn)爭還是一個接一個，先是在2月20日發(fā)生西施塘戰(zhàn)斗，戰(zhàn)友、妻子柳肇珍殉難，然后接連在扶風橋、芳橋、屺亭橋戰(zhàn)斗，幾乎沒有喘氣的機會。在三月成立六師，他被任命為參謀長，四月成立十六旅，他兼任旅長。由于太滆地區(qū)實在不利發(fā)展，他率隊進入兩溧，在黃金山地區(qū)與頑軍四十師激戰(zhàn)四天，三戰(zhàn)三捷，才使十六旅站穩(wěn)腳跟，這以后形勢漸見好轉(zhuǎn)，茅山根據(jù)地逐漸恢復。