在此之前，淮軍也接收過不少降兵，程學(xué)啟就是最著名的降將，且已被李鴻章倚為干城。太倉的太平軍佐將錢壽仁幾個(gè)月前率兩千多人向淮軍投降，也被接納了，他改名為周壽昌，用降兵組成了昌字營?；窜姷慕ㄗ?、玉字、有字、忠字、榮字、群字、義字各營，都是太平軍的降軍。但太平軍這次作用不大的詐降，卻把這種信任摧毀了，在后來的戰(zhàn)爭中，殺俘、殺降，幾乎成了普遍現(xiàn)象，代價(jià)十分巨大。

淮軍上下怒火沖天，求戰(zhàn)之心十分迫切。三月十一日，戈登、李恒嵩率常勝軍趕到，李鴻章遂調(diào)各軍合力進(jìn)攻太倉。程學(xué)啟與戈登商量后，派三營開字營兵進(jìn)扎太倉西門外；淮揚(yáng)水師中營也集結(jié)在西門大河上；常勝軍把南門外的幾座太平軍營壘先行摧毀，廓清外圍。

十三日，暴雨竟日，各營按兵不動(dòng)，蓄勢(shì)待發(fā)。

十四日，戰(zhàn)斗首先在河上打響，三十多艘太平軍的炮艇駛近，向淮揚(yáng)水師開火，水面上頓時(shí)激起條條水柱。程學(xué)啟派洋槍隊(duì)與水師配合，水陸夾攻。在猛烈炮火的壓制下，太平軍的炮艇無路可走，只得繳械投降。但由于吃過詐降的虧，淮軍憤恨至極，大肆報(bào)復(fù)，把十九名首領(lǐng)和上百名降兵，統(tǒng)統(tǒng)押到岸邊的樹叢中殺死。

冷血、殘酷的殺降，就從這時(shí)開始，并且愈演愈烈。

十五日，太平軍的各路援軍都已告敗，太倉已成一座聳立于硝煙中的孤城?；窜娮詈蟮目偣ラ_始了。李鴻章這樣描述戰(zhàn)斗經(jīng)過：

李鴻章承認(rèn)“圍而殺之”萬余人，雖然沒說殺俘、殺降，但性質(zhì)并無區(qū)別，因?yàn)榛窜娺@次根本不接受投降，也不接受俘虜，一律殺死。太倉之屠，比曾國荃在菱湖殺俘，有過之而無不及。這究竟是出于李鴻章的命令，還是前線官兵自作主張的報(bào)復(fù)行動(dòng)，今已無法確認(rèn)，但李鴻章在奏報(bào)中，無疑是作為戰(zhàn)功上報(bào)的。

李鴻章寫信給曾國藩說：“城賊實(shí)萬余人，漏網(wǎng)蓋少，慘劫亦快事也。蔡逆新封會(huì)王，系偽忠王之婿，在賊中著名兇狡。忠賊北行，以蘇浙一帶地方交蔡與慕、聽兩王防守，殲此渠魁，亦去一患?！?可見他對(duì)太倉之屠頗為得意。后人很難把一個(gè)殺了上萬人以后還覺得“亦快事也”的人，與一個(gè)埋頭案牘?？督?jīng)史百家雜鈔》的儒生形象聯(lián)系起來。這事讓孔夫子來評(píng)判，亦當(dāng)無言。

所報(bào)數(shù)字與實(shí)際屠殺人數(shù)相比，顯然有所夸張，這是歷來寫戰(zhàn)報(bào)的慣例。據(jù)說，當(dāng)時(shí)李鴻章接獲前線戰(zhàn)報(bào)，興奮地對(duì)劉秉璋說：“殺寇數(shù)萬人，可以償吾將士之命矣。”劉秉璋默不作聲，李鴻章問他為什么沉默，劉說：“吾方思所見，吾于南門坡下見一寇逃未出，死于途。他無所知，不敢誑報(bào)。”李鴻章大笑置之。

諷刺的是，蔡元隆在這次戰(zhàn)斗中，并沒有被殺死，翌年他在浙江海寧向閩浙總督兼署浙江巡撫的左宗棠投降，更名元吉。左宗棠不僅接納了他，還挑選了八營兵勇給他統(tǒng)帶。這成了李鴻章與左宗棠交惡最早的一個(gè)伏因。后來蔡元隆部在湖州被太平軍殲滅，戰(zhàn)后蔡元隆返回湖南華容老家，成為當(dāng)?shù)馗患潱尤黄捩扇?、兒孫繞膝，安享晚年。