守天京的萬余太平軍將士及官員弁目三千余人，全部戰(zhàn)死，無一人投降。洪仁玕保護幼主走安徽廣德。曾國藩在向朝廷報捷時說：“洪逆倡亂粵西，于今十有五年，竊據(jù)金陵亦十二年，流毒海內(nèi)，神人共憤。其蹂躪竟及十六省，淪陷至六百余城之多……此次金陵城破，十余萬賊無一降者，至聚眾自焚而不悔，實為古今罕見之劇寇?！?/p>

曾國藩說無人投降，似乎是為湘軍陷城后的過重殺戮找借口。趙烈文在日記中說，大部分太平軍士兵死于城陷時的戰(zhàn)斗，城破后死的反而不多，因為不少人已向官軍投降，并協(xié)助官軍搜掠財物，換取活命。城陷后死得更多的是無辜百姓。

江寧，全城陷入火海，直燒得天昏地暗、天愁地慘、天崩地裂，有些火是太平軍突圍時放的，有些是官軍搶劫財物后為了滅跡放的。從趙烈文的日記中，后人可以一睹天京城破后，一連七天七夜的搶掠、屠殺慘況：

計破城后，精壯長毛除抗拒時被斬殺外，其余死者寥寥，大半為兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行縱放。城上四面縋下老廣賊匪不知若干，其老弱本地人民不能挑擔，又無窖可挖者，盡遭殺死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲。匍匐道上，婦女四十歲以下者，一人俱無，老者無不負傷，或十余刀，數(shù)十刀，哀號之聲達于四遠，其亂如此，可為發(fā)指。

李鴻章沒參加江寧的攻城之戰(zhàn)。金陵城破后的第二天，即六月十七日，他上折表示擬抽隊會剿金陵。并寫信告訴曾國荃，劉銘傳的隊伍將在七月中旬開到金陵。當時他還沒收到金陵城破的消息。等到他收到捷報后，便奏請改派各軍截剿戰(zhàn)敗外逃的太平軍。

六月二十日，李鴻章寫信向曾國藩道賀：“江寧省城已于十六日克復，為之雀躍狂喜，師門與沅丈艱苦經(jīng)營，憂勤顧慮，必須專克此城，以回東南數(shù)省劫運，上酬主知，下副眾望。不世之功，必待非常之人。鴻章所為，每奉明詔與大咨，輒趦趄旁皇與不敢進者也?！?/p>

他又寫信向曾國荃道賀：“敬審擒獲忠逆及洪逆次兄，掃穴殲渠，功高百辟，快慰無似！兩年以來與忠逆搏戰(zhàn)最多，既深佩其狡猾，更積恨其忠勇，來諭阱虎乞憐，曾狗鼠之不若，殊可嗤也。洪秀全必須戮尸，以抒眾憤。其幼子想已竄出……偽府被焚，地窖當必不少，如能掘得金穴，藉犒饑軍，稍償血戰(zhàn)之功，實所欣祝?！?/p>

捷報傳至紫禁城，兩宮太后命議政王、軍機大臣傳諭：

逆賊洪秀泉（全）等以數(shù)十萬逆眾，久踞金陵，曾國荃等督兵圍攻，所部不滿五萬，兩載以來，將城外賊壘悉數(shù)掃蕩，茲復于炎風烈日之下，傷亡枕藉之余，并力猛攻，克拔堅城，非曾國藩調(diào)度有方，曾國荃及各將士踴躍用命，不能建此奇勛。

朝廷論功行賞，曾國藩賞加太子太保銜，封一等侯爵（后賜侯號為毅勇），世襲罔替；曾國荃賞加太子少保銜，賜一等伯爵（威毅）；李鴻章賞加一等伯爵（肅毅）；均賞戴雙眼花翎。上諭對李鴻章的表彰詞為：“江蘇巡撫李鴻章統(tǒng)領中外水陸各軍，由上海一隅轉戰(zhàn)而前，連克蘇常府縣，并領兵出境，攻拔嘉興等處，現(xiàn)復協(xié)剿湖郡，扼守高（淳）、溧（水）一帶，使江南逆匪進無援兵，退無竄路，實屬勇謀兼優(yōu)，著加恩錫封一等伯爵，并賞戴雙眼花翎。”

然而，勝利也帶來了一些意外的煩惱。有些人可共患難，但不可以同安樂，這個道理曾國藩當然清楚，但沒想到這么快就應驗了。金陵攻克后，曾國藩在最早的捷報中，聲稱太平天囯幼主已自焚死。但左宗棠的奏報中，卻毫不留情地指出幼主已突圍而去。這明顯是指曾國藩謊報軍情，夸大戰(zhàn)功。曾國藩氣惱之下，上奏稱左宗棠于“杭州省城克復時，偽康王汪海洋、偽聽王陳炳文兩股十萬之余，全數(shù)逸出，尚未糾參” 。曾、左之間的矛盾，一下子公之于眾。兩人從此絕交，不通音問。李鴻章與左宗棠，本來就有心結，這下自然是站在老師一邊，這又令他與左宗棠之間的裂痕，進一步加深。