民國成立后，元濟婉拒湯壽潛（1857—1917年，進士出身，曾任民國臨時政府交通總長） 邀其出山為官之美意，繼續(xù)致力于商務(wù)印書館的出版事業(yè)。為適應(yīng)建立民國后教育改革的新形勢，元濟組織大量人力編定新式教科書，相繼推出《高等小學(xué)用共和國教科書新歷史》六冊、《高等小學(xué)用共和國教科書新國文》六冊和《單級教科書》等，其中包括初等小學(xué)修身、國文、筆算、珠算等四種，另有《教授法》四種。1909—1911年，由張元濟、高夢旦、莊俞、蔣維喬、杜亞泉等11人，根據(jù)部令編輯了《簡明教科書》、《簡易課本》小學(xué)補習(xí)教科書。編此課本之原因，一因為宣統(tǒng)元年，將學(xué)制改為四年；二因為第一套《最新教科書》，經(jīng)過試驗覺得文字、材料均太深，所以決定修訂。凡認為應(yīng)當(dāng)改良的均盡量進行改進。除了文字改淺外，材料均選擇合于兒童心理的，十分注意多用韻文和應(yīng)用文。修改后的課本普遍稱善。這套課本，初小五種、高小一種、教授法五種。

民國元年（1912年），全國教育臨時會議召開，重點討論教育新學(xué)制問題。商務(wù)印書館捷足先登，配合學(xué)制變革，及時編輯出版《共和國新教科書》，是繼第一部《最新教科書》之后又一部最完善的教科書。不僅宗旨與共和相適應(yīng)，且文字更淺更短，并增加了圖畫，因而令讀者喜聞樂見。

1914年，由蔣維喬、丁文江、謝觀等25人編成《民國新教科書》、《中等師范學(xué)校用書》共39種，商業(yè)學(xué)校用書8種。同時，蔡元培將原編《哲學(xué)發(fā)凡》改名為《哲學(xué)大綱》出版。元培不自滿假，繼編成《簡易哲學(xué)綱要》初版后，又經(jīng)修改，去掉《簡易》兩字，更名為《哲學(xué)綱要》，作為師范學(xué)校用書再次推出。

新文化運動興起，教育界掀起“國語運動”熱潮。元濟組織人力，運用“語體文”（白話文）編寫教材。1920年1月，商務(wù)印書館第一套《新法教科書》二十種出版，結(jié)束了幾千年來文言文一統(tǒng)教科書的局面，有力推動了新文化運動的進展。1923年，為適應(yīng)教育部推行的六三三學(xué)制，商務(wù)印書館又推出了《新學(xué)制教科書》。上述新版教科書，應(yīng)屬當(dāng)時最為完善、進步的教材，因而贏得了廣泛的社會信譽和經(jīng)濟效益，奠定了書館的堅實基礎(chǔ)。