孔靖字季恭，會(huì)稽山陰人，名字與宋武帝祖父名字相同，所以以字稱呼。祖父孔愉，是晉朝的車騎將軍。父親孔躢，為散騎常侍?？准竟ё畛醣慌e為孝廉，逐步升遷為司徒左西掾，尚未授官，遭到了母親的喪事。隆安五年(401)被起用為山陰令，沒去上任。

　　宋武帝東征孫恩，屢次到會(huì)稽，前往孔季恭的宅院，孔季恭白天正在睡覺，有一個(gè)神人衣服不同平常，對(duì)他說：“起來，天子在你家門前！”隨后就消失了，他馬上出去，正好見到了武帝，請(qǐng)進(jìn)家中結(jié)交為友，拉著他的手說：“您以后一定會(huì)大貴，我愿意以身相托?！庇谑乔庖远Y相待，供給十分豐厚。

　　武帝后來討伐孫恩，當(dāng)時(shí)桓玄篡權(quán)的形跡已經(jīng)很明顯，武帝打算在山陰建立義軍?？准竟дJ(rèn)為山陰路遠(yuǎn)，而且桓玄尚未占據(jù)極位，不如等他篡權(quán)以后，在京口對(duì)付他，武帝也認(rèn)為應(yīng)該這樣。當(dāng)時(shí)虞嘯父做會(huì)稽內(nèi)史，孔季恭請(qǐng)求擔(dān)任府中的司馬，沒有得到，于是便出去前往京城。等武帝平定了桓玄，任命孔季恭為會(huì)稽內(nèi)史，派人帶著封板前往授職，正與孔季恭遇上。孔季恭便回舟夜還，到了以后就敲門進(jìn)入郡府衙門。虞嘯父本來是由桓玄所任命的，聽說桓玄失敗，開門請(qǐng)罪?？准竟?duì)他進(jìn)行安慰和勉勵(lì)，讓他暫且呆在所住的地方，明日再轉(zhuǎn)任?？准竟У饺魏?，整頓浮華，鏟除、懲罰游逛和懶惰的人，由此境內(nèi)秩序肅靜清平。

　　逐漸升遷為吳郡太守，擔(dān)任冠軍將軍。在這以前吳郡頻頻地出現(xiàn)太守喪亡，說是項(xiàng)羽神做了卞山王，住在郡中處理政事，二千石官員常常避開他。孔季恭坐在里面處理政務(wù)，竟然平安無事。調(diào)任尚書左仆射，他堅(jiān)持推讓。義熙八年(412)，重新?lián)螘?huì)稽內(nèi)史，修整學(xué)校，督促檢查教學(xué)。十年，重新?lián)斡移蜕?，又推讓沒有接受。任命為領(lǐng)軍，兼散騎常侍。

　　義熙十二年離休，封為金紫光祿大夫。這一年，武帝北伐，孔季恭請(qǐng)求跟隨前往，讓他擔(dān)任太尉軍咨祭酒。隨從平定關(guān)中、洛陽。

　　宋臺(tái)初建，任命他為尚書令，又推讓，于是任命為侍中、特進(jìn)、左光祿大夫。后來辭職東歸，武帝親自到戲馬臺(tái)為他設(shè)宴送行，各位官員都賦詩描述他的德才之美。等武帝接受天命登上帝位，加封他為開府儀同三司，推讓多年都不接受，去世以后，便以此作為對(duì)他的追贈(zèng)。