孔文仲字經(jīng)父，臨江新喻人。性情潔身自好，很少言笑。年青時刻苦問學(xué)，號稱廣博洽聞。考中進(jìn)士，南省考官呂夏卿，稱贊他的詞賦清澹秀麗，策論深博，文章氣勢類似荀卿、揚(yáng)雄，建議主管部門，拔為第一。調(diào)任余杭縣尉。恬靜正直自守，不事請托求見。轉(zhuǎn)運(yùn)使在杭州，召他參與議事，議事完畢后，馬上回縣，不去州府。有人問他，他說“：我在州府沒事?！庇洲D(zhuǎn)任臺州推官。

　　熙寧初年，翰林學(xué)士范鎮(zhèn)以制舉薦舉他，應(yīng)對策論九千余言，力論王安石所建立的理財、訓(xùn)兵之法為不對，宋敏求列他為特等。王安石發(fā)怒，告訴神宗，御批罷歸原官。齊恢、孫固封還御批，韓維、陳薦、孫永都極力上言孔文仲不應(yīng)黜退，五次上奏章，沒有得到同意。范鎮(zhèn)又說：“孔文仲低賤疏遠(yuǎn)，不知忌諱。而且以直言求之，卻又怪罪他，恐怕為圣明之累?！币膊宦爮摹ＬK頌嘆息說“：朝廷正求賢才如饑渴，有這樣的人才而不被錄用，豈不是議論太高遠(yuǎn)而難以符合邪佞，言詞太偏激而取怨嗎？”

　　吳充為宰相，想要把孔文仲安排在館閣，又有人嫉妒，僅得國子直講。求學(xué)的人正用王氏經(jīng)義上進(jìn)，孔文仲不研習(xí)王氏書，換為三班主簿，出任保德軍通判。當(dāng)時征伐西夏，幾十萬人都到邊境上，很久不解散，邊地人厭倦困苦，孔文仲陳述三不便說：“大部隊沒有出動，而丁夫預(yù)先集中；河?xùn)|雇民夫，勞民傷財；各路出兵，首尾不相應(yīng)。虞、夏、商、周的強(qiáng)盛，未嘗沒有外侮，但懷柔制御的要旨，不在彼而在此?！?br />
　　元..初年，哲宗召用孔文仲為秘書省校書郎，升禮部員外郎。有人說：“皇族只有楊、荊二王能稱皇叔，其余應(yīng)各系其祖宗，好像唐代人稱諸王孫之比。”孔文仲說“：皇帝剛即位，應(yīng)廣敦厚和睦之義，不應(yīng)疏遠(yuǎn)離間骨肉。”議論于是平息。升任起居舍人，提拔為左諫議大夫。七月初一發(fā)生日食，孔文仲上疏條陳五事，叫邪說亂正道，小人欺凌君子，外族人欺侮中國，邪論剝奪公論，人臣輕視國命，應(yīng)覺察這些以消去災(zāi)兆。論青苗、免役法，首先困敝天下，保甲、保馬、茶鹽法，是遺留禍患。改任中書舍人。

　　元..三年(1088)，孔文仲同知貢院。孔文仲先患寒病，到這時，日夜不廢職責(zé)。同事以其身體病弱，勸他先出去，或者住在其他寢室?？孜闹俑兄x說“：居官則任其職責(zé)，不敢因病自便！”于是病愈加沉重，回家而去世，終年五十一歲。士大夫都哭之失聲。蘇軾拍著他的靈柩說“：現(xiàn)在正嘉許懦弱而厭惡深邃，尋求像我孔經(jīng)父這樣剛直的人，現(xiàn)在沒有了！”詔令優(yōu)厚撫恤孔家，任命他的弟弟孔平仲為江東轉(zhuǎn)運(yùn)判官，辦理孔文仲的喪事。

　　開始，孔文仲與弟弟武仲、平仲都以文章聲名起于江南，當(dāng)時號稱“三孔”。后來追貶文仲為梅州別駕。元符末年，恢復(fù)他的官位。有文集五十卷。