馮從吾，字仲好，陜西長(zhǎng)安人。萬(wàn)歷十七年(1589)進(jìn)士，改任庶吉士，授官御史。巡視宮城，宦官置備名帖求見(jiàn)，拒絕不見(jiàn)。禮科都給事中胡汝寧奸詐狡猾、胡作非為，多次揭發(fā)都不離職。馮從吾揭露他的邪惡，才把他調(diào)往外地，正值考核地方官員的時(shí)候，馮從吾嚴(yán)加巡視，行賄者銷聲匿跡。

　　萬(wàn)歷二十年(1592)正月上奏章說(shuō)：“陛下郊廟祭禮不親自參加，朝臣聚會(huì)不親自駕臨，奏章扣留在禁中不下發(fā)。請(qǐng)看戊子(1588)以前，周邊國(guó)家效忠順?lè)?，天下太平；己?1589)以后，南有倭寇告急，北有強(qiáng)敵犯邊，天災(zāi)人禍，層出不窮。前者為勵(lì)精圖治的功效，后者是懈怠敗壞的災(zāi)禍。近來(lái)傳頌皇帝告諭，說(shuō)皇帝身體欠佳，想以此為由自我掩飾，卻不知宮內(nèi)敲鐘，聲音已傳于宮外。陛下每晚必飲酒，每飲必醉，每次喝醉了必定發(fā)脾氣。左右的人稍有一句話不對(duì)勁，就用亂棍打死，外廷沒(méi)有不知道的。天地良心，難道是可以欺騙的么！希望陛下不要以為天災(zāi)不足畏懼，不要以為人言不足憂慮，不要以為目前的太平安定可以依賴，不要以為將來(lái)的危險(xiǎn)動(dòng)亂可以忽視，如此，則是國(guó)家社稷的大壞事?！被实鄞笈胩幜P他廷杖刑。正好趕上仁圣太后的壽辰，內(nèi)閣大臣極力勸解得以幸免。不久告假回家，起用巡視長(zhǎng)蘆鹽政。為政清廉，優(yōu)待商人，奸猾之徒大為收斂。回到朝廷后，正趕上皇帝因?yàn)檐娛率聞?wù)大批廢黜北京和南京的言官。馮從吾也被剝奪官籍，還是由于先前上疏的緣故。

　　馮從吾生性純正而誠(chéng)實(shí)，有志于濂、洛二個(gè)學(xué)派的理學(xué)，跟著許孚遠(yuǎn)學(xué)習(xí)。罷官回家，閉門謝客，用前輩學(xué)者的格言，對(duì)照自己的實(shí)踐，造詣更加深邃。在家隱居二十五年，光宗即位，起用尚寶卿，提升太仆少卿，全因?yàn)楦绺绲膯识Y沒(méi)有赴任。不久改任大理寺。

　　天啟二年(1622)提拔為左僉都御史。才二個(gè)月，提升為左副都御史。朝廷討論“三案”，馮從吾說(shuō)：“李可灼拿至尊皇帝試驗(yàn)藥物，卻同意他稱病回家，掌權(quán)者是何用心？至于梃擊這個(gè)官司，跟揭發(fā)奸人的各臣作對(duì)的人，就是奸人?！币虼吮娞O(jiān)討厭他。

　　不久，與鄒元標(biāo)共同創(chuàng)建首善書院，召集志同道合的人在里面講學(xué)。給事中朱童蒙上疏詆毀。馮從吾說(shuō)：“宋朝不興盛，是因?yàn)榻怪v學(xué)的緣故，而不是講學(xué)的緣故。我朝太祖、成祖宣揚(yáng)‘六經(jīng)’，皇帝布置講經(jīng)史的幾席，皇太子出樓聽(tīng)講，都是講學(xué)。臣子期望皇帝講學(xué)，自己卻不去做，能行嗎？原大臣王守仁，在行軍打仗的空隙，還不忘記講學(xué)，終于成就偉大的功業(yè)。這就是我們不計(jì)較名譽(yù)得失而興書院講學(xué)的原因?！庇谑窃俅畏Q病辭職，皇帝下詔好言相勸，挽留他。給事中郭允厚、郭興治又先后極力詆毀鄒元標(biāo)。馮從吾又上疏說(shuō)：“我壯年時(shí)進(jìn)入朝廷，就跟楊起元、孟化鯉、陶望齡等人創(chuàng)立講學(xué)會(huì)，直到我告病回家才停止。北京講學(xué)，過(guò)去就有了，為什么直到今天才被譴責(zé)？”于是再次上疏辭職。

　　天啟四年(1624)春天，起用為南京右都御史，多次推辭沒(méi)有批復(fù)，征召授官工部尚書。正好趙南星、高攀龍相繼離職，接連上疏極力推辭，讓他辭官回家。第二年秋天，魏忠賢的黨羽張?jiān)G上疏詆毀馮從吾，剝奪官籍。同鄉(xiāng)王紹徽一向懷恨馮從吾，等到在吏部任職，使喬應(yīng)甲巡撫陜西，千方百計(jì)地搜集材料，但一無(wú)所獲。于是毀壞書院，推倒先圣的像，丟在城角。馮從吾非常憤怒、憂郁，得病死了。崇禎初年，恢復(fù)官階，贈(zèng)封太子太保，謚號(hào)恭定。