1946年12月，札什倫布寺的尋訪隊(duì)伍來(lái)到塔爾寺，與班禪行轅會(huì)商，雙方毫無(wú)異議地確定貢布才旦就是九世班禪的轉(zhuǎn)世靈童，并呈報(bào)國(guó)民黨政府批準(zhǔn)。與此同時(shí)，西藏噶廈政府在西康省理塘縣和昌都八宿縣，尋訪到兩名轉(zhuǎn)世靈童。

問(wèn)題迅速變得復(fù)雜起來(lái)，青海、西康、西藏三地分別有了三位轉(zhuǎn)世靈童，到底哪一位是真正轉(zhuǎn)世的班禪呢？長(zhǎng)達(dá)五年的爭(zhēng)論由此開(kāi)始了。噶廈方面認(rèn)為，應(yīng)該把三位靈童全都迎請(qǐng)到拉薩，采用金瓶抽簽的辦法，最后確定。班禪行轅反對(duì)，認(rèn)為貢布才旦靈異超人，相貌堂堂，轉(zhuǎn)世靈童必他無(wú)疑，不用再搞金瓶抽簽。雙方爭(zhēng)持不下，希望國(guó)民黨政府表態(tài)。

1947年春，班禪行轅派人前往南京，向當(dāng)時(shí)的行政院院長(zhǎng)孫科、考試院院長(zhǎng)王云五、監(jiān)察院院長(zhǎng)于右任、立法院院長(zhǎng)戴傳賢、蒙藏委員會(huì)委員長(zhǎng)許世英等黨政要員說(shuō)項(xiàng)，并贈(zèng)送了大量從西藏帶去的黃金、文物、藥材。但這些大員只受禮不辦事，一次次地推委。最后由行政院代表蔣介石表態(tài)：確定靈童一事，應(yīng)取得西藏宗教主的承認(rèn)才行，目前不宜立即作出決定。

1949年初，蔣介石下野，李宗仁代理總統(tǒng)，國(guó)民黨政府遷都廣州。班禪行轅追攆到廣州請(qǐng)求李宗仁批準(zhǔn)轉(zhuǎn)世靈童。李宗仁當(dāng)即同意了班禪行轅的請(qǐng)求。于是國(guó)民黨政府于1949年6月3日頒布命令：青海靈童官保慈丹（即貢布才旦），慧性澄圓，靈異夙著，查系第九世班禪額爾德尼轉(zhuǎn)世，應(yīng)即免于掣簽，特繼任為第十世班禪額爾德尼。8月10日，由專使關(guān)吉玉和青海省主席馬步芳主持，在塔爾寺普觀文殊殿前，大講經(jīng)院內(nèi)，給十世班禪舉行了隆重的坐床大典。但是教界人士都知道，沒(méi)有西藏僧俗人眾的認(rèn)可，僅靠國(guó)民黨政府的頒令，班禪的名分是不牢靠的。

1949年10月1日，中華人民共和國(guó)成立，這對(duì)班禪來(lái)說(shuō)，是個(gè)絕好的機(jī)會(huì)。班禪行轅馬上致電中央人民政府：速發(fā)義師，解放西藏，本佛誓率西藏愛(ài)國(guó)人民，喚起西藏人民配合解放軍，為效忠人民祖國(guó)奮斗到底。這就是說(shuō)，班禪及其龐大的行轅又要進(jìn)藏了。中央人民政府立即作出反應(yīng)：你和你的教民擁護(hù)我們，我們就支持你們返回西藏。

返回西藏的一切準(zhǔn)備，就在新政權(quán)的領(lǐng)導(dǎo)下，緊鑼密鼓地開(kāi)始了，包括護(hù)送的軍隊(duì)，包括班禪送給西藏饑民的糧食，包括馱運(yùn)物資的駱駝。

遠(yuǎn)在布達(dá)拉宮的十六歲的達(dá)賴?yán)锊痪镁椭懒税喽U要回來(lái)。他在咨詢噶廈要員的意見(jiàn)之后，對(duì)此采取了明智的態(tài)度。1951年6月，達(dá)賴電告班禪：我卜卦所得良好征兆，您確是前輩班禪化身。決定后已公布札什倫布訖?，F(xiàn)在希望您即速起程回寺，所經(jīng)道路決定后先來(lái)電為荷。這是十三世達(dá)賴和九世班禪之間展開(kāi)神與神的對(duì)抗、人與人的爭(zhēng)斗以來(lái)的二十九年中，達(dá)賴和班禪的第一次默契。它表明，班禪在宗教方面的合法性，通過(guò)卜卦，得到了另一位宗教領(lǐng)袖的承認(rèn)。