章太炎與康有為、梁啟超等維新黨人的關(guān)系可以追溯到詁經(jīng)精舍時期。當(dāng)他第一次從老師俞樾那兒聽到康有為“公車上書”和組織強(qiáng)學(xué)會的事時，就對康有為充滿了欽佩。恰巧此時強(qiáng)學(xué)會正到處征召有志之士，章太炎被其富國強(qiáng)兵的宗旨所感動，毫不猶豫地寄出16元銀洋，申請入會。1896年，《時務(wù)報》創(chuàng)辦后，章太炎更是一期不漏地閱讀。

章太炎一到《時務(wù)報》館，就受到時任主筆的梁啟超等的熱烈歡迎。章太炎不負(fù)眾望，很快寫出《論亞洲宜自為唇齒》以及《論學(xué)會有大益于黃人亟宜保護(hù)》等文章。

《論亞洲宜自為唇齒》批評李鴻章聯(lián)俄反日的做法，主張中國在自強(qiáng)的同時，應(yīng)視日本為唇齒，共同抵御俄羅斯。章太炎之所以主張親日，是出于他“黃種、白種，誓不兩立”的種族觀念，這是他少年所受“夷夏之防”思想的合理延伸。

《論學(xué)會有大益于黃人亟宜保護(hù)》一文則強(qiáng)調(diào)，當(dāng)時最緊迫的任務(wù)是保護(hù)學(xué)會，選拔和任用人才，“以革政挽革命”。這與康梁等人“興學(xué)會”、“開民智”的觀點基本一致。

然而對維新思想的認(rèn)同并不代表章太炎對康有為治學(xué)態(tài)度和治學(xué)目的的認(rèn)可。早在詁經(jīng)精舍的時候，章太炎就寫了駁議數(shù)十條，批判康有為的《新學(xué)偽經(jīng)考》。在《孔子改制考》中，康有為依據(jù)現(xiàn)實需要重新闡發(fā)孔子思想，希望通過重構(gòu)儒學(xué)體系，為變法提供理論支持。章太炎則認(rèn)為牽強(qiáng)附會，偏離了治學(xué)的本道。

在《時務(wù)報》館期間，章太炎對梁啟超等康門弟子尊康有為為圣人的做法充滿鄙夷，說“這群康門弟子好比一群屎克螂在推滾糞球”。每次與梁啟超、麥孟華等人論學(xué)時，都水火不相容。雙方矛盾不斷升級，最后竟至于一場群毆事件。

1897年4月的一天，與往日一樣，章太炎在報館的忙亂嘈雜中開始了一天的工作。麥孟華等康門弟子又開始吹噓康圣人如何目光炯炯、長相不凡等等，極盡肉麻之能事。章太炎忍無可忍，高聲插了句：“康有為能與孔子比嗎？”章太炎此話一出，立即激怒了麥孟華，他搶到章太炎桌前，出手就打。章太炎也是不甘示弱之人，雙方不由分說便扭打在一起。梁啟超等康門弟子也喊叫著擁了上來，章太炎奮起還擊，混亂中打了梁啟超一個耳光。經(jīng)此事件，倔強(qiáng)的章太炎憤然離開《時務(wù)報》。

離開報館后不久，德國出兵強(qiáng)占了膠州灣，緊接著沙俄艦隊駛?cè)肼庙槥?，其他各國也是虎視眈眈。面對如此危局，滿清政府已經(jīng)無能為力，章太炎決定上書李鴻章，因為李鴻章是當(dāng)時最有名望的漢族大官。章太炎建議：一、以割讓威海衛(wèi)給日本為代價，聯(lián)合日本，鉗制俄、德，遏止瓜分逆流；二、雇用日本人為客卿，在稅務(wù)、制造局等方面取代英、法等國?？墒?，信寄出后杳無音訊。這也難怪，李鴻章的聯(lián)俄抗日之策，是甲午戰(zhàn)敗后的不得已之舉。從章太炎的建議中可以初步體會到他論政的一大特色：立場鮮明、想法單純。

1898年，經(jīng)《時務(wù)報》館老朋友夏曾佑推薦，章太炎被張之洞招入帳下。章太炎滿心以為可以通過張之洞實現(xiàn)自己“依靠漢族督撫改變現(xiàn)狀”的念頭，所以高高興興地?fù)?dān)任起《正學(xué)報》的編輯，撰文批駁康有為的今文經(jīng)學(xué)理論。但他沒有想到張之洞只是利用他與康有為的分歧，打壓維新派。等到明白了張之洞的“中體西用”只是為了在清朝體制下穩(wěn)健變法的時候，章太炎失望離去。