他與康有為、梁啟超等維新派的關系也是如此。

1898年的戊戌政變促進了章太炎的覺醒，他的排滿思想日趨強烈，開始對康有為等人的變法主張充滿懷疑。但此時，章太炎的思想還沒有形成一個獨立的體系，無法與康有為的“今文經學 托古改制”思想體系相抗衡，甚至在某種程度上受到康有為思想的影響，這在他的《訄書》（1900年）初刻本中有清晰的體現(xiàn)。《訄書》初刻本以《尊荀》始，以《獨圣》終，雖然抬出荀子來與今文經學家的尊孔相抗衡，但并不反孔。為緩和維新與排滿之間的矛盾，章太炎在《訄書》中還設計了“客帝”與“分鎮(zhèn)”兩個方案。在《客帝論》中，主張?zhí)撟鹂鬃訛椤肮仓鳌?，滿洲皇帝則退居為“客帝”，掌握實權，推行變法；《分鎮(zhèn)》主張在中央權力得到根本改善之前，加強各地方自治自衛(wèi)能力，與列強抗爭。

事態(tài)的發(fā)展很快就表明，章太炎的主張完全行不通。他意識到，他所冀望的維新派、“客帝”光緒、漢臣督撫李鴻章等都無力解決中國所面臨的危機。

促使章太炎覺醒的第一件事，是戊戌政變后章太炎與梁啟超等康門弟子的交往。戊戌政變后，章太炎因參與維新變法，與其他維新黨人一道被通緝，先是逃往臺灣，與梁啟超等冰釋前嫌后又來到日本，住在《清議報》館。此時的梁啟超雖一度萌發(fā)革命思想，但很快又追隨老師康有為回到了“保皇”、“立憲”的老路上。在與梁啟超朝夕相處的日子里，章太炎深感其思想已經僵化，落伍于時代。章太炎深信，沒有武力，救國就是一句空話。

1900年，義和團起義，八國聯(lián)軍侵華。東南各督撫，如廣州的李鴻章、武漢的張之洞、濟南的袁世凱，拒絕接受朝廷的“亂命”，和列強實行“東南互?！雹佟０藝?lián)軍進京后，慈禧帶著光緒等人匆忙逃往西安。清政府的無能，讓章太炎看到“客帝”純屬紙上談兵，又因為李鴻章等督撫在《辛丑條約》簽訂后，見清廷仍舊存續(xù)，無意與之決裂，使章太炎認識到“分鎮(zhèn)”的荒誕。

1900年7月，當唐才常在?；蕰馁Y助下，祭起“勤王”大旗時，章太炎不再猶豫，明確宣布自己矢志反清，投身革命。1900年8月3日，為了顯示投身革命的決心，章太炎毅然剪去長辮，脫去長衫，換上西裝。

割辮之后，章太炎義無反顧地投入革命洪流，開始與改良派戰(zhàn)斗。

1901年，章太炎發(fā)表了公開批駁改良派政治主張的第一篇論文《正仇滿論》。此文發(fā)表于具有濃厚革命色彩的《國民報》上，對梁啟超所謂的反對清朝統(tǒng)治就是“仇滿”的觀點給予反駁，并且認為只有通過流血革命，推翻滿清王朝統(tǒng)治，中國才能發(fā)展為近代民主國家。這是中國近代史上第一篇公開指名批判清王朝和光緒皇帝的文章，一經發(fā)表，舉國嘩然。

1903年的《駁康有為論革命書》重申了《正仇滿論》的觀點，是章太炎公開向康有為宣戰(zhàn)的第一炮。該文與他為鄒容《革命軍》寫的序一同發(fā)表于《蘇報》顯要位置，煽動仇滿、鼓吹革命，不僅沉重打擊了康有為等?；庶h的氣焰，也把革命的矛頭直接對準了清廷統(tǒng)治者。