此后，靈童的一切生活均由曲吉、索朗堅參和兩名朗生（傭人）服侍，他人不得接近，就連靈童的父母也不例外。

1688 年3 月7 日，倉央嘉措即將年滿5 歲的時候，第巴桑結(jié)嘉措聽取了索朗堅參關(guān)于靈童身體形態(tài)、言談舉止、神情觀感等方面的情況匯報，“歡快異常，百感交集”，認(rèn)定秘尋靈童成功。

3 月25 日， 桑結(jié)嘉措再次派人送了大批祜佑神像、凈水、茶葉等禮物給新選定的靈童，并且安排人把專門供奉布達(dá)拉宮的精細(xì)糌粑以供神的名義定期定量送往靈童暫居地。至此，倉央嘉措正式被認(rèn)定為五世達(dá)賴的轉(zhuǎn)世靈童，開始接受嚴(yán)格、系統(tǒng)的教育。

1688 年10 月1 日，倉央嘉措正式啟蒙，開始學(xué)習(xí)藏文30 個字母。教授他的老師都是由布達(dá)拉宮派出的最優(yōu)秀的學(xué)者。根據(jù)有關(guān)對布達(dá)拉宮的匯報，靈童“聰明異常”，很多內(nèi)容就像過去已經(jīng)學(xué)習(xí)過一樣。從1689 年開始，6歲的倉央嘉措開始同前世一樣，自覺地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且表現(xiàn)出預(yù)測吉兇的能力。1690 年8 月5 日，第巴桑結(jié)嘉措派曲吉、珠堅林巴· 羅桑歐珠等學(xué)問精深的高僧擔(dān)任經(jīng)師，指導(dǎo)靈童正式聞習(xí)佛法。

1691 年2 月8 日，第巴桑結(jié)嘉措收到了靈童的親筆信，報告其近況。隨即，他回贈給靈童一批唐卡、哈達(dá)、佛祖釋迦牟尼像、法王宗喀巴大師像、蓮花生大師三尊像、制勝女神像及平常所用的7 副本尊護(hù)法神像等物。從此，幼小的倉央嘉措與第巴之間有了書信往來。    這一年的10 月2 日，倉央嘉措開始學(xué)習(xí)《內(nèi)、外、別三種時輪》，背誦《九九表》，練習(xí)算術(shù)和粉板字。

自1692 年起，布達(dá)拉宮對小倉央嘉措的照顧更加周密，各種制作精美的各地風(fēng)味食品、水果、衣服及用具等源源不斷地從拉薩運(yùn)來，而且逢年過節(jié)都有賀信和禮品。小倉央嘉措的學(xué)習(xí)也更加勤奮，他系統(tǒng)學(xué)習(xí)了五世達(dá)賴著的《菩提道次弟論講義》、仁蚌巴著的《詩鏡注釋》、《除垢經(jīng)》、《釋迦百行傳》等，并在此期間完成了《馬頭明王修行法》一文的撰寫。

1695 年，12歲的倉央嘉措已經(jīng)可以親自主持隆重的供祭法事，祭奠眾護(hù)法神。比如，這一年，他主持向護(hù)法神母進(jìn)行了五次祭祀。