就在桑結(jié)嘉措幾乎獨(dú)攬實(shí)權(quán)之時(shí)，對(duì)他的挑戰(zhàn)也悄然而至。1688年，蒙古準(zhǔn)噶爾部首領(lǐng)噶爾丹東侵喀爾喀部后，開(kāi)始南下進(jìn)犯，被清軍打敗。在噶爾丹作亂的戰(zhàn)爭(zhēng)中，桑結(jié)嘉措始終偏袒并站在噶爾丹一邊，甚至多次假借五世達(dá)賴之名在清廷為其開(kāi)脫和掩護(hù)，所以噶爾丹的失敗讓他感受到了空前的威脅。另一方面，五世達(dá)賴業(yè)已圓寂的消息日益難以遮掩。在這種情況下，如何選擇時(shí)機(jī)向清廷靠攏并促使新立的達(dá)賴?yán)镯樌簿吐?，成為桑結(jié)嘉措的一大心事。

根據(jù)史籍記載，就如何迎請(qǐng)靈童來(lái)拉薩并公開(kāi)五世達(dá)賴?yán)飯A寂一事，第巴桑結(jié)嘉措、曲吉卡熱巴· 多倫多吉、曲本· 阿旺西繞、格隆· 甲央扎巴、塔姆瓦、阿袞等人曾聚集在大靈塔——宗喀巴塑像前，誠(chéng)心禱告，敬請(qǐng)神靈抉擇。最后確定迎請(qǐng)的時(shí)間為藏歷火牛年（1697年） 。問(wèn)卜神旨還稱“應(yīng)首先將靈童迎至布達(dá)拉宮，時(shí)間應(yīng)為藏歷10 月下旬10 日內(nèi)。根據(jù)五世達(dá)賴與管家索朗繞丹攝政王第一次見(jiàn)面的地點(diǎn)，在聶塘扎西崗地方舉行首次會(huì)面禮儀為好”。

1696 年即康熙三十五年，康熙皇帝親征準(zhǔn)噶爾，翌年，噶爾丹兵敗自殺，準(zhǔn)噶爾全軍覆沒(méi)。噶爾丹被消滅本身已對(duì)桑結(jié)嘉措極為不利，而恰逢此時(shí)，康熙皇帝又從俘虜口中得知五世達(dá)賴?yán)镌缫褕A寂的消息?？滴跏终鹋?，立即致書(shū)第巴桑結(jié)嘉措嚴(yán)詞責(zé)問(wèn)，“命理藩院檄青海薩楚墨爾根臺(tái)吉等，諭以噶爾丹敗逃及達(dá)賴?yán)镆阉朗辏ㄋ劳霎?dāng)年算一年，實(shí)際為15 年），第巴匿之，假其言誑誘噶爾丹作亂之故”。

桑結(jié)嘉措接到康熙皇帝的責(zé)問(wèn)書(shū)信后，立即派尼瑪塘呼圖克圖等人前往北京解釋，正式報(bào)告五世達(dá)賴?yán)镆延诳滴醵荒辏?682年） 圓寂，并稱當(dāng)時(shí)“即欲奏報(bào)，恐生他變，且有達(dá)賴?yán)镞z言和護(hù)法王之授記，言必至相合之年歲始聞天朝皇帝及眾施主，現(xiàn)六世達(dá)賴?yán)铮▽ⅲ┯诳滴跞晔露迦兆玻ù藶轭A(yù)計(jì)日期），乞皇上暫隱之，勿聞?dòng)诒姟??？滴趸实墼跈?quán)衡了五世達(dá)賴死后西藏的復(fù)雜政局面之后，“許為秘之”，并默認(rèn)了新達(dá)賴?yán)飩}(cāng)央嘉措的合法性。    隨即，第巴桑結(jié)嘉措在西藏從小范圍到大范圍陸續(xù)公開(kāi)了“第五世達(dá)賴?yán)飿I(yè)已圓寂，六世達(dá)賴?yán)镆呀?jīng)降臨人世”的消息，并解釋說(shuō)，早年乃兩大護(hù)法神曾鄭重降旨，“此事與政教大業(yè)攸關(guān)，必須嚴(yán)加保密”，現(xiàn)在，神已經(jīng)允許公開(kāi)。

1697 年3 月，第巴桑結(jié)嘉措從拉薩派出了和碩特蒙古軍首領(lǐng)扎西嘉措以及朗熱僧· 旺杰多吉、門(mén)巴帕姆· 阿旺桑波、唐窮瓦· 洛桑等作為迎請(qǐng)六世達(dá)賴?yán)锏南惹踩藛T。隨后，又從藏軍中選派了貢布人嘎恰巴· 丹增多吉等人擔(dān)任護(hù)衛(wèi)任務(wù)。  

4 月29 日，桑結(jié)嘉措首先向一部分高級(jí)官員公開(kāi)了“秘密”，并嚴(yán)令暫時(shí)仍須守口如瓶。此前不久，倉(cāng)央嘉措一行起程前往拉薩時(shí)，也沒(méi)有舉行大規(guī)模的儀式，只是給前來(lái)送行的父母、親戚、官員等人一一摩頂，并回敬哈達(dá)。靈童一行經(jīng)過(guò)吉宇、噶舉宮、哲古扎西塘、拉欽地、索凱、絨布熱瑪霍、達(dá)龍?jiān)髁?、占堆塘等地，?jīng)過(guò)9 天的行程，于5 月4 日到達(dá)浪卡子。

5 月17 日，護(hù)送人員代表曲吉來(lái)到拉薩，向布達(dá)拉宮的世界莊嚴(yán)大金塔、天成殊勝自在佛像、大昭寺和小昭寺內(nèi)的釋迦牟尼金像等敬獻(xiàn)哈達(dá)，并向第巴桑結(jié)嘉措詳細(xì)匯報(bào)了靈童行程的情況。