蔡元培笑了，他早料到陳獨(dú)秀舍不得丟掉《新青年》，因此提議將《新青年》帶到北大，以吸引北大學(xué)者名流加入，那樣對(duì)《新青年》的發(fā)展也會(huì)有所幫助。蔡元培這個(gè)建議讓陳獨(dú)秀眼前一亮，最終決定接受邀請(qǐng)，但仍擔(dān)心自己不能勝任，因此留有余地，提出試任3個(gè)月，能夠勝任就繼續(xù)做下去，無法勝任再回上海，蔡元培點(diǎn)頭答應(yīng)。

此次進(jìn)京，不僅陳獨(dú)秀得到任職北大的機(jī)會(huì)，汪孟鄒也是收獲頗豐，為書局招股十余萬元，加上南方認(rèn)股數(shù)萬元，以及“亞東”、“群益”原有資本，共有30余萬資金，為書局的成立奠定了基矗

回到上海后，高君曼聽說陳獨(dú)秀將到北大任職，非常高興。但此前陳獨(dú)秀考慮在老家全皖中學(xué)讀書的兩個(gè)兒子陳延年與陳喬年。他們已經(jīng)長(zhǎng)大，應(yīng)該讓他們出來闖一闖，于是在《青年雜志》創(chuàng)辦之后的1915年冬寫信讓兄弟倆來上海。

兄弟倆到上海后，先在陳獨(dú)秀家中小住了一段時(shí)間，隨后便搬出去自謀生路，白天在外打工，晚上到法租界法語學(xué)校讀書，夜里就住到編輯部店堂的地板上，每天的伙食都是大燒餅就自來水。當(dāng)時(shí)延年17歲，喬年13歲，兄弟倆從來不向父親要錢。這讓高君曼心里十分難過，為此與陳獨(dú)秀爭(zhēng)論多次，而陳獨(dú)秀堅(jiān)持要讓兩個(gè)孩子在外面吃苦，接受鍛煉。如今去北京，將兩個(gè)孩子留在上海，高君曼心里更覺得不是滋味。

在高君曼的要求下，去北京前，陳獨(dú)秀關(guān)照汪孟鄒，每月從《新青年》的發(fā)行費(fèi)中拿出十幾元，貼補(bǔ)延年、喬年的生活。汪孟鄒連忙答應(yīng)：“應(yīng)該的，應(yīng)該的，小兄弟倆太可憐了。”此前汪孟鄒和陳獨(dú)秀的老鄉(xiāng)潘贊化受高君曼之托，多次為接濟(jì)小兄弟倆的事勸說陳獨(dú)秀，都沒有效果，如今陳獨(dú)秀總算動(dòng)了“憐憫之心”，汪孟鄒高興得不得了，連稱高君曼“堪稱女中豪杰”。

1917年元月中旬，陳獨(dú)秀攜高君曼及一雙兒女入京，住在北京箭桿胡同9號(hào)。不料，陳獨(dú)秀出任北大文科學(xué)長(zhǎng)后，在校內(nèi)引起一場(chǎng)軒然大波，一些頑固守舊勢(shì)力對(duì)陳獨(dú)秀充滿敵意，章太炎弟子黃侃、馬裕藻等人對(duì)陳獨(dú)秀更是冷嘲熱諷，說他：“只不過能寫些筆記性文章，沒有獲得任何學(xué)位，竟來北大任文科學(xué)長(zhǎng)，真是笑話?！?/p>

這些人都在《新青年》抨擊范圍內(nèi)，認(rèn)為陳獨(dú)秀打倒孔家店、提倡白話文的主張實(shí)屬“叛逆”，不屑與之為伍，更不愿在他手下任教。好在蔡元培對(duì)陳獨(dú)秀表示絕對(duì)的信任，力排眾議，將文科人事、行政全權(quán)交由陳獨(dú)秀負(fù)責(zé)，使陳獨(dú)秀用實(shí)際行動(dòng)堵住了頑固守舊派的嘴，得以在北大立足。

陳獨(dú)秀結(jié)合蔡元培“兼容并包”、“思想自由”等辦學(xué)方針，對(duì)北大文科進(jìn)行整頓改革。同時(shí)受蔡元培之命，邀請(qǐng)尚在美國(guó)即將畢業(yè)歸來的胡適到北大任教，還聘請(qǐng)了李大釗、劉半農(nóng)等新文化運(yùn)動(dòng)提倡者加入北大文科教授行列。這些人不僅成為陳獨(dú)秀整頓北大文科的主力，也成為《新青年》的骨干力量。陳獨(dú)秀在北大立足之后，隨即將《新青年》編輯部搬到北京。

此時(shí)，胡適應(yīng)陳獨(dú)秀約稿，從美國(guó)寄回一篇《文學(xué)改良芻議》，刊登于《新青年》第2卷第5號(hào)，胡適在文章中主張以白話文代替文言文，被視為“文學(xué)革命發(fā)難信號(hào)”。陳獨(dú)秀對(duì)這篇文章欣賞之余，覺得不夠深刻，又在《新青年》第2卷第6號(hào)發(fā)表《文學(xué)革命論》，呼應(yīng)胡適，提出“三大主義”：即“推倒雕琢的、阿諛的貴族文學(xué)，建設(shè)平易的、抒情的國(guó)民文學(xué)”；“推倒陳腐的、鋪張的古典文學(xué)，建設(shè)新鮮的、立誠(chéng)的寫實(shí)文學(xué)”；“推倒迂晦的、艱澀的山林文學(xué)，建設(shè)明瞭的、通俗的社會(huì)文學(xué)”，將反封建的內(nèi)容同反文言文的形式相結(jié)合，將胡適的“文學(xué)改良”發(fā)展成一場(chǎng)聲勢(shì)浩大的“文學(xué)革命”。