1918年1月，《新青年》雜志改為同人期刊，由陳獨秀、錢玄同、高一涵、胡適、李大釗、沈尹默以及魯迅、劉半農輪流編輯，這種編輯辦法，令一大批擁有先進思想的人物圍繞在《新青年》四周，使《新青年》成為新文化運動的宣傳陣地。

這段時間，陳獨秀和魯迅、李大釗也過往甚密，其中魯迅的第一篇白話小說《狂人日記》，便是在陳獨秀催促下完成的，發(fā)表于《新青年》第4卷第5號。陳獨秀和李大釗，則在1918年12月，攜手創(chuàng)辦《每周評論》雜志，這本雜志比《新青年》更直接參與政治。

然而，隨著《每周評論》的創(chuàng)刊，1919年初，守舊派向新思潮發(fā)起猛烈進攻，同時使出卑鄙手段，造謠稱陳獨秀等人因思想激進受到政府干涉，陳獨秀已辭職、被驅逐出北大等。陳獨秀據理反駁謠言，一邊發(fā)動社會各界對守舊派進行反擊，一邊利用《新青年》、《每周評論》發(fā)動對舊思潮的討伐，“寧肯犧牲權利，不肯犧牲主義”，堅決不讓北大這塊新文化運動的中心陣地受到破壞。

蔡元培不愿北大民主自由的局面被舊勢力扼殺，更不愿新文化運動的代表人物陳獨秀被攆出北大，于3月19日致函《神州日報》，為陳獨秀辭職一事辟謠。

但由于舊勢力與軍閥政府相勾結，教育總長傅壇湘受大總統徐世昌指令致函蔡元培，干預北大新文化運動；此時北大又傳出陳獨秀嫖娼一事，蔡元培的摯友北京醫(yī)專校長湯爾和猛烈攻擊陳獨秀“私德太壞”，曾將陳獨秀介紹給蔡元培的沈尹默也認為陳獨秀不檢點，被人抓住把柄，不宜再任文科學長，在此情況下，蔡元培不得不改變不撤換陳獨秀文科學長的初衷。

4月8日，北大文理科教授會議通過文理科教務處組織法，馬寅初出任第一任文理科教務處長，陳獨秀在機構調整中被撤掉文科學長一職，改任國史館編纂。

事實上，陳獨秀的被免職，一方面是來自官方的壓力，另一方面，與他的個性及生活態(tài)度是分不開的。用章士釗的話說，陳獨秀“言語峻利，好為斷制，性狷急不能容人，亦輒不見容于人”，使他樹敵太多。湯爾和原本是陳獨秀出任北大文科學長的舉薦人，但在1918年5月，湯爾和給陳獨秀寫信，陳獨秀卻將他毫不客氣的回信發(fā)表在《新青年》4卷5號上，令湯爾和銜恨在心。而陳獨秀生活中不拘小節(jié)，甚至出入煙花柳巷，實為授人以柄。

關于陳獨秀出入八大胡同一事，早在1918年初高君曼就聽到傳言，為此常與陳獨秀發(fā)生爭吵，罵陳獨秀是“無恥之徒”。陳獨秀不甘示弱，反譏她“故作清高”。陳獨秀脾氣暴躁，高君曼則動輒哭號，從此陳宅里變得火藥味十足，以致陳獨秀見到高君曼就心煩。如今陳獨秀被免職，更印證了出入八大胡同的傳言屬實，高君曼對陳獨秀的態(tài)度更加冷漠，背后時常落淚。